Die zentralen Aufgaben des ZQ liegen in der Durchführung von Evaluationen im Hochschulbereich, in der Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses, der Beratung der Fächer und Fachbereiche im Hinblick auf Strukturfragen, der Unterstützung durch hochschuldidaktische Maßnahmen und der internen Akkreditierung von Studiengängen im Rahmen der Systemakkreditierung. Darüber hinaus führt das ZQ Projekte im Bereich der Hochschul- und Bildungsforschung sowie Evaluationen von hochschulexternen Programmen und Projekten durch. In den vorangegangenen Jahren hat sich gezeigt, dass die Vielfalt der methodischen Zugänge einen differenzierten Einblick in die Situation von Forschung, Studium und Lehre sowie Organisation der Fächer und Fachbereiche ermöglicht. Zielsetzung ist es, in Kooperation mit den jeweils Beteiligten einen kontinuierlichen Prozess der Qualitätsentwicklung anzuregen und zu unterstützen.
Das ZQ ist organisatorisch als eine zentrale Einrichtung zwischen Fächern und Fachbereichen, Hochschulleitung und Verwaltung angesiedelt, um dem Auftrag als übergreifende Beratungseinheit nachkommen zu können. Aus den unterschiedlichen und kontinuierlich erweiterten Aufgaben des ZQ ergeben sich Kooperationen mit verschiedenen universitären Einrichtungen und Organen.